महिलाओं के खिलाफ यौन उत्पीड़न की शिकायत कागज के रूप में या iccsh-dst@gov.in पर ई-मेल भेजकर की जा सकती है। अधिनियम में प्रावधान है कि पीड़ित महिला कार्यस्थल पर यौन उत्पीड़न की लिखित शिकायत आंतरिक शिकायत समिति या स्थानीय शिकायत समिति (यदि शिकायत नियोक्ता के खिलाफ है) को घटना की तारीख से तीन महीने की अवधि के भीतर और घटनाओं की एक श्रृंखला के मामले में, अंतिम घटना की तारीख से तीन महीने की अवधि के भीतर कर सकती है। कार्यस्थल पर महिलाओं के यौन उत्पीड़न (रोकथाम, निषेध और निवारण) नियम, 2013 के अनुसार, यदि पीड़ित महिला अपनी शारीरिक अक्षमता के कारण शिकायत करने में असमर्थ है, तो अन्य बातों के साथ-साथ उसके रिश्तेदार या दोस्त या उसके सहकर्मी या राष्ट्रीय महिला आयोग या राज्य महिला आयोग के किसी अधिकारी या किसी ऐसे व्यक्ति द्वारा जिसे घटना की जानकारी हो, पीड़ित महिला की लिखित सहमति से शिकायत दर्ज कराई जा सकती है।
महिला एवं बाल विकास मंत्रालय ने कार्यस्थल पर यौन उत्पीड़न से संबंधित शिकायतें दर्ज करने के लिए 24 जुलाई, 2017 को यौन उत्पीड़न इलेक्ट्रॉनिक-बॉक्स (शी-बॉक्स) नामक एक ऑनलाइन शिकायत प्रबंधन प्रणाली शुरू की। शी-बॉक्स केंद्र सरकार (केंद्रीय मंत्रालयों, विभागों, सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रमों, स्वायत्त निकायों और संस्थानों आदि) के किसी भी कार्यालय में काम करने वाली या वहां जाने वाली महिलाओं को कार्यस्थल पर महिलाओं के यौन उत्पीड़न (रोकथाम, निषेध और निवारण) अधिनियम, 2013 के तहत कार्यस्थल पर यौन उत्पीड़न से संबंधित शिकायतें दर्ज करने के लिए एक मंच प्रदान करने की एक पहल है।
एक बार जब कोई शिकायत शी-बॉक्स में जमा हो जाती है, तो उसे सीधे संबंधित मंत्रालय/विभाग/पीएसयू/स्वायत्त निकाय आदि की आंतरिक शिकायत समिति (आईसीसी) को भेज दिया जाएगा, जिसके पास शिकायत की जांच करने का अधिकार है। शी-बॉक्स शिकायतकर्ता और नोडल प्रशासनिक प्राधिकरण दोनों को आईसीसी द्वारा की गई जांच की प्रगति की निगरानी करने का अवसर भी प्रदान करता है।